I. Lãnh đạo Trung tâm
1. Giám đốc: Ông Nguyễn Trọng Tuân
2. Phó Giám đốc: Ông Nguyễn Kim Viết
3. Phó Giám đốc: Ông Nguyễn Duy Tuấn
II. Các phòng chuyên môn nghiệp vụ gồm:
1. Phòng Hành chính - Tổng Hợp
2. Phòng Kỹ thuật và thông tin đất đai
3. Phòng Kế hoạch tài chính
4. Phòng Quản lý và phát triển quỹ đất
5. Phòng Bồi thường và giải phóng mặt bằng
III. Biên chế:
Biên chế công chức, viên chức và số lượng người làm việc tại Trung tâm phát triển quỹ đất được giao trên cơ sở vị trí việc làm, gắn với chức năng, nhiệm vụ, phạm vi hoạt động và được Sở Tài nguyên và Môi trường giao hằng năm.